一、出口食品原料种植养殖场备案
海关总署公布原料种植、养殖场备案名单，并制定备案程序和要求。所在地海关负责对出口食品原料种植、养殖场进行备案，并进行资料审查、现场检查、企业核查等监督措施。
二、出口食品生产企业备案
海关总署制定备案程序和要求，所在地海关负责出口食品生产企业的备案。
境外国家（地区）要求对中国出口食品生产企业进行注册管理并要求海关总署推荐的情况下，出口食品生产企业需向所在地海关提出申请，经初步核查后报海关总署。海关总署结合企业信用、监督管理和所在地海关初步核查情况，组织进行对外推荐注册工作，推荐注册程序和要求由海关总署制定。
三、企业核查和单证审核
出口食品生产企业应建立供应商评估制度、进货查验记录制度、生产记录档案制度、出厂检验记录制度、出口食品追溯制度和不合格食品处置制度。出口食品生产企业应在运输包装上标注生产企业备案号、产品品名、生产批号和生产日期。
海关应对辖区内出口食品生产企业的食品安全卫生控制体系进行监督检查，采取资料审查、现场检查、企业核查等方式，并与出口食品境外通报核查、监督抽检、现场查验等工作相结合。
四、现场查验、监督抽检和口岸抽查
出口食品生产企业和出口商应按法律、行政法规和海关总署规定，在申报前向产地或组货地海关提出监管申请。产地或组货地海关在受理食品出口申报前监管申请后，依法对需要检验检疫的出口食品进行现场检查和监督抽检。符合要求的出口食品将获得海关证书，准予出口。不符合要求的出口食品将收到海关书面通知。对于可进行技术处理的相关出口食品，经合格的技术处理后方可出口；不能进行技术处理或经技术处理后仍不合格的，不准出口。
五、境外通报核查
海关总署将对因安全问题而受到国际组织、境外政府机构通报的出口食品进行核查。根据需要，调整监督抽检比例，要求食品出口商逐批提交检验机构出具的检验报告，撤回向境外官方主管机构的注册推荐等控制措施。各级海关在执行出口食品监督管理时如发现安全问题，应向同级政府和上一级政府食品安全主管部门通报。
除了以上监督管理措施，海关还建立了食品安全信息管理制度。海关总署收集、汇总出口食品安全信息，建立相应的管理制度。各级海关负责本辖区以及上级海关指定的出口食品安全信息的收集和整理，并根据规定向地方政府、相关部门、机构和企业通报。如果涉及其他地区，还会同时通报相关地区海关。海关根据收集到的进出口食品安全信息进行风险评估，并确定相应的控制措施。
